高達635米、可以俯瞰東京街景的鈴木塔(Bell Tree Tower)竣工。柯南等人前來參加鈴木塔的開業儀式。但是,正當大家在觀景台上欣賞美景的時候,突然有一枚子彈破窗而入,擊中了一名男子的胸膛,柯南及毛利蘭和少年偵探團緊急追蹤,沿著彈道尋找犯人的蹤跡,他看到了一個黑色的影子像狙擊手,但這黑色的影子居然連警車都敢攻擊,後來就連FBI都捲入其中,但最後犯人還有狙擊事件之謎都消失在海中。於是柯南和警察和FBI聯合起來調查此事,然後發現了海軍特種部隊「海豹部隊」的存在。其實這次的狙擊事件僅僅只是一個更大陰謀的「第一步」而已。與此同時,神秘的研究生沖矢昴也在幕後開始秘密行動起來......
